近年，中国人商品面团发酵制造业理论研究所填报的“西沙群岛野生诺尼种子内生菌的群落结构与多样性研究”和“白酒品尝中嗅觉-感受协同机制的研究”等2个青年科学基金项目获得了2013年度国家自然科学基金资助。

国家自然科学基金作为我国支持基础研究的主渠道之一，面向全国，重点资助具有良好研究条件、研究实力的高等院校中和科研机构中的研究人员。中国食品发酵工业研究院作为世界各国范围最明显、历程最久的跨专业食物、生物体工业研究探讨与的开发的科研开发平台，近两余年来，担负了国家自然科学基金等多项国家级科研项目。